Գիտական խորհրդին կից մշտական հանձնաժողովները ստեղծվում են գիտական խորհրդի գործունեության անընդհատությունն ապահովելու, արդյունավետությունը բարձրացնելու և ընթացքը կառավարելու նպատակով:
Հանձնաժողովների լիազորությունների ժամկետը 5 տարի է:
Հանձնաժողովների կազմերն առաջադրում և գիտական խորհրդի հաստատմանն է ներկայացնում մասնաճյուղի տնօրենը:
Հանձնաժողովի կազմում կարող են ընդգրկվել գիտական խորհրդի անդամներ, կառուցվածքային ստորաբաժանումների ղեկավարներ, գիտամանկավարժական կազմի և ուսանողության  ներկայացուցիչներ:
Հանձնաժողովների գործունեության հիմնական խնդիրներն են՝
1) ապահովել գիտական խորհրդում քննարկվող օրակարգային հարցերի բազմակողմանի ուսումնասիրությունն ու քննարկման արդյունավետությունը,
2) կազմակերպել լսումներ և քննարկումներ գիտական խորհրդի օրակարգային հարցերի վերաբերյալ, ձևավորել առաջարկություններ, եզրակացություններ և կարծիքներ գիտական խորհուրդ ներկայացնելու համար,
3) մշակել գիտական խորհրդի օրակարգային հարցերի վերաբերյալ որոշումների նախագծերը,
4) իրականացնել գիտական խորհրդի ուսումնական, գիտական, մեթոդական գործառույթների հետ կապված այլ լիազորություններ:
Հանձնաժողովի որոշումը գիտական խորհրդում հարցի քննարկման համար ունի երաշխավորական կամ խորհրդատվական նշանակություն:
Գիտական խորհրդին կից գործում են հետևյալ մշտական հանձնաժողովները.
Կրթական ծրագրերի, ուսումնամեթոդական հարցերի և որակի ապահովման հանձնաժողով,
Սոցիալական ծրագրերի և ուսանողության հարցերի հանձնաժողով,
Գիտական կոչումների ներկայացման և մրցութայինհարցերիհանձնաժողով: